Au sortir des guerres de religion, les pays qui constitueront bien plus tard le département de l’Ain sont encore au centre de querelles venimeuses, plongeant les populations dans des heures pénibles. En 1600, le duc de Savoie, Charles-Emmanuel Ier, possède la Bresse et le Bugey, les terres savoyardes s’étendant des confins de Lyon – la ville étant de ce fait une ville frontière -, jusqu’à Turin et Nice. Deux ans auparavant, le traité de Vervins, signé le 2 mai 1598 entre l’Espagne et la Savoie d’une part, la France d’autre part, ont mis fin à la guerre opposant les rois Philippe II et Henri IV. L’Espagne ayant renoncé à toutes ses prétentions territoriales envers la France et s’étant retirée des régions occupées, les deux monarchies vont connaître une brève période de coexistence pacifique. Restait pour Henri IV à régler l’un de ses contentieux avec la Savoie. Il concernait le marquisat de Saluces (Saluzzo au sud de Turin), enclave française en Piémont, que le duc de Savoie avait occupé en 1588 et qu’il refuse d’évacuer.
Henri IV, roi d’une France enfin pacifiée, et soulagé du problème espagnol, a les mains libres pour régler cette affaire au profit de son royaume. Le 27 juin 1600, il fait adresser un ultimatum au duc de Savoie qui le somme d’évacuer le territoire contesté dans les trois mois ou de céder ses territoires de la rive droite du Rhône. Mais l’impatience gagne le Béarnais. Il passe outre le délai proposé et il entre en campagne le 12 août. L’offensive se porte sur trois objectifs : le maréchal de France et duc de Biron – dont le rôle trouble allait révéler un peu plus tard sa trahison envers Henri IV – attaque et pille Bourg-en-Bresse, dont la citadelle résiste ; Crillon, un des grands capitaines du XVIe siècle, ami et compagnon d’armes du roi, fonce sur Chambéry qui capitule rapidement et Lesdiguières, un autre fidèle du roi, se dirige sur Montmélian, prise le 17 août. Enfin, Henri IV fait lui-même son entrée à Chambéry le 24 août.
Charles-Emmanuel, surpris, a tardé à réagir. L’hiver, la neige contrarient la poursuite des hostilités mais le duc de Savoie doit militairement s’avouer vaincu. De son côté, Henri IV peut rejoindre Lyon le 9 décembre 1600, où il va retrouver Marie de Médicis, qui l’attend et qu’il va épouser en la cathédrale Saint-Jean, le 17 décembre. Intermède savoureux pour le fougueux Béarnais, qui prend littéralement d’assaut sa promise, avant d’entamer des pourparlers de paix qui se déroulent à Lyon sous la présidence du légat du pape. Le 17 janvier 1601 est signé le « Traité de Lyon ». Le duc de Savoie doit céder à Henri IV la Bresse, le Bugey, le Valromey et le pays de Gex. En échange il garde le marquisat de Saluces.
Ce traité marque une étape de la formation territoriale de la France et il met fin à une implantation multiséculaire de la Maison de Savoie sur la rive droite du Rhône, dans plus de 80% du territoire de l’actuel département de l’Ain…
