Lyon, qui fut l’un des berceaux de la Chrétienté, avait déjà accueilli un premier concile en l’an 1245. Les sujets à débattre, autour du pape Innocent IV, outre les problèmes classiques du monde ecclésiastique exigeant des réformes, concernaient la situation préoccupante en Terre sainte et au Royaume d’Acre face à la pression musulmane ainsi que le devenir de l’empire latin de Constantinople. Le concile s’ouvre dans un climat particulièrement tendu.
Du 28 juin au 17 juillet, les 150 évêques qui sont réunis avaient en effet à prononcer l’excommunication – la troisième depuis 1227 – et la déposition de l’empereur du Saint-Empire romain germanique, Frédéric II, maître du nord et du sud de l’Italie, dont l’attitude faisait peser des menaces sur l’autorité, voire la liberté du pape. Une décision sans grand effet puisque le pape ne se hasardera à quitter Lyon que quatre mois après la mort de l’Antéchrist, le 19 avril 1251. Au moins le souverain pontife avait-il durant son séjour couvert la ville de bienfaits, d’indulgences et de privilèges…
Le concile de Grégoire X dit « le Bienheureux »
Le second concile lyonnais est organisé en 1274 à l’initiative du pape Grégoire X dit « le Bienheureux », qui connaissait fort bien une ville où il avait séjourné. Bien que né à Plaisance, en 1210, Theobaldo Visconti fit ses classes, conseillé par le cardinal de Palestrina, en tant que chanoine du chapitre de Saint-Jean avant de quitter Lyon pour un long périple qui le conduisit jusqu’en Terre sainte.
Alors qu’il n’était pas encore prêtre, il fut élu, le 1er septembre 1271, au siège pontifical… laissé vacant depuis trois ans. Parmi ses préoccupations, Grégoire X eut à cœur de calmer les esprits lyonnais sérieusement échauffés après les émeutes de 1269 qui avaient opposé citoyens et chanoines de Saint Jean. Les intentions du roi de France visant au rattachement de Lyon à la couronne n’étaient pas étrangères au conflit en cours.
Grégoire X, après avoir nommé intentionnellement Pierre de Tarentaise à l’archevêché, un théologien formé au couvent des Jacobins (qui deviendra en 1276, sous le nom d’Innocent V, le seul pape lyonnais), choisit finalement Lyon comme siège du prochain concile.
Il arriva en novembre 1273 par le mont Cenis, en compagnie du frère franciscain Bonaventure dont le nom sera donné à la basilique lyonnaise des Cordeliers. C’est d’ailleurs, hélas, au couvent des Cordeliers que le frère est décédé brutalement dans la nuit du 14 au 15 juillet 1274, certains évoquant empoisonnement mais rien ne confirmera cette vilaine rumeur.